Название города происходит от наименования средневекового города, известного с начала XVI века, которое было так названо по имени реки Уфа. В «Топографии Оренбургской губернии» (1755 г.) Рычков П. И. указывает, что «О звании города Уфы можно догадываться, что оно не вновь ему придано, но паче возобновлено прежнее, и сущее то, которым нагайские ханы, исстари живучи в здешних местах, город свой именовали, ибо никакого резона не видно, чтоб городу, построенному над самой рекой Белою, коя величиною против Уфы вдвое больше, именоваться по реке Уфе, которая в реку Белую впадает с правой же стороны по течению её, версты с три выше города, где никакого городового строения нет.